与明代朱元璋所定下的重农主义政策不同，清廷在经济政策上倾向于扶持商业。自然，清代的商业发展处于皇权力量控制之下，是为皇权效力的。此时，熟悉北方各地情况，长期从事大宗商品贸易的晋商，得到清廷格外青睐，被特意加以招抚利用。
清初，晋商与清廷保持着良好的关系，在经济领域全力为清廷效力。他们控制着北方的贸易通道，从事粮食贸易。一旦晋商不至，则粮价暴涨。如陕西绥德县东的义合驿，一度被反清武装控制，“南北路断，晋商不至，斗米银六钱”。顺治元年（1644）五月，都察院参政祖可法、张存仁上奏，请招抚山西商贾运粮。摄政和硕睿亲王多尔衮表示“尔等言是”，同意招纳晋商，运输粮草，发展商业。
清廷对商业的重视，为晋商的发展创造了条件。康熙帝认为，“通财货之血脉者，惟有商贾”，“商人为四民之一”，承认商人应有的地位。雍正帝提出，只有“通商”才能“裕国”，若困商贾，等于自困，一旦“商人失业”，会导致“国帑”常亏，主张“借贸易之盈余，佐耕耘之不足”。乾隆帝大力鼓励商业发展，对商人“不惜破格之施”，在萧条时期更以“通商为要图”，一度整顿关津，规范税额，减轻商人负担。
至康熙朝，在对准噶尔的战事中，晋商积极参与后勤事务，为平定准噶尔立下汗马功劳，加深了与清廷之间的关系，得以长期控制利润丰厚的口外贸易。
当时，漠北蒙古、漠南蒙古已经臣服，但在今新疆境内的“漠西蒙古”各部，仍不断对清廷发出挑战，其中实力最为强劲的是准噶尔部。准噶尔部本是卫拉特四部中的一部，只是由于机缘，在部落内部的不断厮杀之中，产生了一个个雄才大略的领袖，带领着部落不断扩张，最终称雄于草原之上。可草原已不能满足他们，他们的目光落在了中原。成为草原霸主后，准噶尔人开始向中原发起挑战。
康熙三十五年（1696）二月，康熙帝得到报告，噶尔丹仍然停留在巴颜乌兰，遂决定御驾亲征。康熙帝下令兵分三路，讨伐噶尔丹。中路军由康熙帝亲自统帅，直指克鲁伦河。西路军由费扬古统帅，分别从宁夏、归化出发，合师后截断噶尔丹退路，东路军由黑龙江将军萨布素统帅。
此次出征，康熙帝做了全面动员，以支持前方作战。中路军运粮车4000辆，后又增造1500辆。所用军马，在大同一次就采购两万匹。为了征集马驼，康熙帝行文各省，凡罪人都可以捐马驼赎罪。左都御史于成龙负责总统各路军队粮饷的调拨运输。各路军中有专门负责运送粮草的官兵及民夫，随军前进，将粮饷运送到指定地点。清军运粮队分工明确，督运、运输、验收、发放有专人负责。运粮车队所用工具多样，有牛车、驼车、马车，满载军粮，络绎不绝。
除了官方运粮队外，商人也组成运输队，编入“买卖营”，或帮助运输粮饷，或随军进行贸易。西路军随行商人多为晋商，有资本的协助运粮，没有资本的充当随军厮役。后来晋商中盛极一时的“大盛魁”创始人王相卿、张杰、史大学等，此时在费扬古西路军中，或为厨夫，或服杂役。商人运粮的优势是“克期至，无后者”，可见商业化的运作，效率远胜过官方。对于商人的高效运输，康熙帝很是满意，命令参战各军另设一营，让商人在营内贸易，“大军十六营中，每营派官一员，专司贸易之事”。
康熙帝三次亲征，虽然打掉了噶尔丹，但与准噶尔部的战事却陷入长期状态。在前方各据点驻扎的清军需要大量粮草，单纯依靠官方运粮，成本高，速度慢，清廷日益倚重能高效运输后勤物资的晋商。
在清初八家皇商之中，最有名的是介休范氏一族。范氏被赐产张家口，入内务府籍，此后范氏等皇商成为皇帝的商业代理人。此时的介休范氏，与一般的晋商有了身份上的区别，虽然在籍贯上仍然是山西人，可在身份上，范氏乃是旗籍，非普通晋商可比。
范永斗负责为皇家采购皮张等贸易，全力扩充家族业务，财力日益雄厚，奠定了范氏日后发展的基础。范永斗年迈之后，由儿子范三拔接掌家族业务。在范三拔手中，范氏一边进行边境贸易，一边积极帮助清廷从事后勤运输工作。范三拔生有五子，其中第三子范毓馪，在康熙四十七年（1708）成为范氏生意的掌门人。范毓馪熟悉商贸事务，为人豪迈，又有胆略，使范氏业务得到壮大。
康熙五十四年（1715），清廷再次与准噶尔爆发冲突。清军前方据点科布多位置遥远，补给线漫长，沿途多为戈壁沙漠。清廷预估，运粮至科布多每石需要120两银。晋商范毓馪则报价40两银，并可垫资运粮，此举解决了清军燃眉之急。
到了康熙五十九年（1720），在远征准噶尔之战中，范毓馪又承担了运粮事务，将每石米粮的价格下降到40两。第二年，清军出师，范毓馪筹办向察罕廋尔运米17.7万余石。此次范毓馪表现优异，运费成本不过官方运费的三分之一。
以边市贸易起家的范氏及其他晋商，辗转沙漠万里，不断为清军提供后勤支持。对于商人们运粮的高效，康熙帝很是满意，多次给予褒奖。在运输军粮、协助清军的行动中，晋商也利用此机会，与塞外各部进行贸易。战事平息后，由于与军方的良好关系，晋商得以继续在塞外从事贸易。日后盛极一时的大盛魁，便是随军贸易中获得大发展的晋商代表之一。大盛魁的创始人随清军一路征战，先到乌里雅苏台设立总号，后来迁至科布多，再迁至归化城。大盛魁取得了在蒙古地区经商的垄断地位，主要有茶叶贸易、银票信贷和牲畜买卖。
雍正帝对晋商有所了解，曾云：“山右大约商贾居首，其次者犹肯力农，再次者谋入营伍，最下者方令读书，朕所悉知。”在对准噶尔的战争中，雍正帝也借助晋商力量，从事后勤工作。雍正元年（1723），罗卜藏丹津纠合青海各部头目叛乱。雍正二年，清军派兵至察罕廋尔、扎克拜达里克两处驻扎，“并令官商范毓馪等挽运米石，备支给口粮之用”。
雍正帝汲取康熙朝对准噶尔部多次用兵不能奏效的教训，1726年就已经开始准备对准噶尔用兵，以允祥、张廷玉、蒋廷锡三人秘密办理，为此特设军需房。军需房整合六部与各省力量，集中财力、人力、物力，为军队远征提供了有力的后勤支持。
到了雍正七年（1729），雍正帝正式对准噶尔用兵。此次出征，以傅尔丹为靖边大将军，从北路进，岳钟琪为宁远大将军，由西路进。雍正帝的心腹怡亲王允祥知悉范毓馪精于后勤运输，便推荐他负责运输北路大军的粮饷。
范毓馪办理北路粮饷很是卖力，曾以骆驼万余匹运送由察罕廋尔至科布多的粮饷。路途遥远，且途中气候多变、环境险恶，范毓馪分段设站，“每站用驼二百只，夫四十名。七八月间，驼只倒毙数千”。为了节省成本，范毓馪根据用粮数量及路程，计算运输至前方各处米粮的价格，每石分别耗费11.5两至25两不等。
范毓馪精心筹划，累年运米百余万石，有力地支持了清军战事，得到雍正帝嘉奖。雍正帝赐范毓馪二品太仆寺卿，其四弟得了布政司参政。
由于办理北路军粮的出色表现，允祥特意奏请，将西路军的军粮运输也交给范毓馪。但由于各种原因，范毓馪只为西路军运了部分军粮，西路军军粮仍然以官运为主。雍正九年（1731），范氏兄弟向西北运送军粮，事先周密筹划，备好人工、牲畜、器具、粮草等。沿途遇到难以通行之地，范氏兄弟招工平整道路，铲除荆棘，保证了前方清军的粮食供给。范氏兄弟的出色表现，让雍正帝在此年再次嘉奖。
在运粮外，范氏也经营其他贸易，在塞外“一柑之实，一瓶之浆，寸丝尺帛，悬直数金”。运粮返回时，又带回骡马、毡裘等货物，至中原可卖出好价钱。范氏之外，清廷为了降低运输成本，也引入其他商人运粮，以形成竞争。雍正十三年（1735）十二月，归化城尚书通智解送运米脚价银至前方军营。在军营中，通智询问其他商人运粮价格，计每石给银9两，“较之范毓馪等运数，每石减四两”。
乾隆帝登基之初，与准噶尔处于对峙状态，设在前方的诸多营寨需要大量的粮饷供应，范毓馪再次承担了供应粮食的任务。乾隆元年（1736），乾隆帝命总理事务王大臣等，筹备前方军营贮米事宜。大将军庆复上奏，鄂尔昆等处所存米粮充足，商人范毓馪所运米石，“足供四年支用”。因为范氏持续不断地运粮，前方供给充足，待旧米支尽，始动新粮。蒙古草原上，积雪春融，湿气较重，粮食保存困难。乾隆三年（1738）夏五月，定边副将军额驸策凌上奏，因为前方米粮储存较多，请暂停运送军营米石。
军粮之外，范氏还帮助官方采购赈济粮食。如乾隆三年，口外大获丰收，而京师米价昂贵，贫民缺粮。乾隆帝派遣内务府官员，携带库银6万两，前往张家口、古北口，依照市价采购米谷，交八旗米局平粜，使京师民众能买得起米。范毓馪毛遂自荐，称自己长期在口外买米，业务熟练，张家口外现有范氏伙计多人，采购米粮，断无贻误。故而由其采买米粮，其费用较之官买，自然节省。乾隆帝当即许可，命范毓馪派人前往古北口、喜峰口、热河一带分头采办，不论何项米谷，按照市价购买，陆续运京，分给八旗米局。
早在汉代，中国即有“伐胡不过百”之说，即对游牧民族用兵，受粮秣所限，不能超过百日。中原历代王朝，想要深入草原，进行征战，都面临后勤供给的巨大问题。有清一代，面对准噶尔的不断进逼，经历康熙、雍正、乾隆三朝持续用兵，才将大患基本平定。可以说，将士奋力厮杀赢得战斗，后勤运输无阻赢得战争。
在对准噶尔的战事中，以范氏为首的晋商，以商业力量投入后勤，降低运输成本，高效完成运输任务，使清军无粮秣之忧，得以全力展开军事行动，功莫大焉。
晋商一面参与前方粮食的运输，一面在前方各地设立市集，从事贸易，由此获得了口外贸易的控制权。乾隆二十二年（1757），署定边左副将军车布登扎布奏称，自大军军兴以来，商人随军营贸易，乌喇特、喀喇乌苏、乌里雅苏台等处皆设有市集。虽然蒙古各部落原先皆有市集，但晋商新开市集，使蒙古等各部的贸易更为便利，很快占据了草原市场。
随着战事的平息，皇商如范氏继续作为皇室的奴仆，通过依附权力，得以从事各类垄断贸易，获取暴利，但盛极一时之后，黯然离场。而大多数晋商，则与权力保持着一定距离，以商业力量在口外及内地开拓贸易，风生水起，广开财路。
在清代的几大商帮之中，晋商能持续控制北方内陆贸易及口外贸易，却又不被清廷过度盘剥，离开权力，依旧有市场，照样能生存，以实力营商，这才是其底气所在，由此得以持续兴盛200余年。商人如果一味地献媚权力，邀宠权力，以此获得权力的庇佑，虽能获得一时的富贵，却没有底气支撑，难免会被淘汰。晋商在清代，除了几家皇商过度依附权力外，作为一个群体，与权力走得不是特别近，乃至晋商子弟不大热衷于科举，而是全力经营商业，游离于权力之外，这也是其智慧所在。
在晋商群体中，崛起于张家口的八家皇商是最为独特的存在，他们与皇权关系最为密切，参与军事后勤事务最为频繁，获得的回报最为丰厚，与权力已是无法切割。但皇商之中，最显赫者介休范氏，虽曾荣耀一时，但因与权力捆绑过紧，被权力盘剥也最甚，离开权力就无法生存，最终沦落为可有可无的存在，在各种合力作用之下逐渐衰没。
